初中化學方程式中都是分子嗎

不都是。化學方程式中化學式的書寫有單質，也有化合物，而單質中有原子直接構成的物質，如金屬，鐵（Fe）等，固態非金屬單質，如碳（C）等以及稀有氣體，而單質也可以參加化學反應。

如碳的燃燒：C十O2＝（點燃）CO2，鐵參加的置換反應Fe十H2SO4＝FeSO4＋H2↑。由此可見化學方程式中既有分子，也有原子。