三方協議違約金條款由誰填寫

由用人單位填寫。三方協議是用人單位、應屆畢業生和學校三方簽訂的協議，主要是解決因應屆畢業生為畢業前無法簽訂勞動合同而簽訂的協議，因為三方協議具有勞動合同的性質，所以用人單位會在三方協議上填寫違約金條款來保護雙方的權益。