第三方协议丢了有影响吗

没有影响，可以找学校再找一份回来。

第三方协议就《是普通高等学校毕业生，毕业研究生就业协议书》的一种简称，它是明确毕业生，学校和用人单位三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生的户籍档案和五险一金等系列问题。