初中化学方程式中都是分子吗

不都是。化学方程式中化学式的书写有单质，也有化合物，而单质中有原子直接构成的物质，如金属，铁（Fe）等，固态非金属单质，如碳（C）等以及稀有气体，而单质也可以参加化学反应。

如碳的燃烧：C十O2＝（点燃）CO2，铁参加的置换反应Fe十H2SO4＝FeSO4＋H2↑。由此可见化学方程式中既有分子，也有原子。