平次知道灰原的身份嗎

知道。

TV版191集 危命的復活 黑衣騎士

平次假扮成新一，卻沒想到柯南和灰原已經商量好了，又看到灰原假扮成的柯南，以為是工藤，就套近乎，誰想到“柯南”做出那樣的反應（男女生保持一定距離），自已一人正在那納悶。最後灰原告訴平次自己的真實身份，也簡單說了一下關於APTX4869解藥的事。