本堂瑛佑為什麼後面沒了

因為名偵探柯南中本堂瑛佑的主要作用是引出水無憐奈的真實身份，因而當水無憐奈的祕密被揭露，本堂瑛佑就沒有登場的必要了。

本堂瑛佑登場於紅與黑篇，彼時水無憐奈被FBI在醫院中監視。而本堂瑛佑發現了水無憐奈的行蹤，並且找到了水無憐奈。

最後證實水無憐奈確實是他的姐姐，但是她的真實身份是卧底黑衣組織的CIA特工。在水無憐奈身份揭曉以後，本堂瑛佑在紅與黑篇末尾表示要努力爭取成為CIA特工，至此本堂瑛佑就沒有再登場了。